蛋白质二级结构分析

蛋白质二级结构分析

蛋白质的一级结构是氨基酸的长链，二级结构就是长链的折叠，螺旋形成的几何结构代表了蛋白质的空间结构，蛋白质的二级结构可以通过圆二色光谱的测试来进行分析，常见的蛋白质二级结构有α-螺旋、β-折叠、β-转角、无规卷曲等。

蛋白质二级结构的圆二色光谱特征：

如下图是一张圆二色光谱图，我们怎么从图上分析蛋白质的二级结构呢？

这就需要知道每种二级结构的的圆二色光谱特征，常见的二级结构特征如下；

从表格的结构上看，每种峰的都有自己特有的峰区域，很清楚，但是放在图上是不是就完全无法区分了？也不能区分每种结构可能都有多少。这时候就需要对谱图进行拟合计算，区分出来每种结构的占比。

拟合计算

拟合计算并不是直接给到谱图就可以就行的，如果需要针对性的计算蛋白质二级结构，需要知道如下信息：

1）       蛋白质的分子量

2）       蛋白的氨基酸残量

3）       测试圆二色光谱时候的蛋白质浓度

4）       使用的比色皿规格

知道以上4个参数我们可以进行比较准确的拟合计算，这里面信息1和2是可以通过查询文献和蛋白质数据库得到的（如：Uniprot数据库）。后面3和4就是测试时候需要记录的参数。

根据以上的参数我们就可以通过一些拟合工具直接拟合输出结果：

以上就是分析蛋白质二级结构过程。通过蛋白质的二级机构分析，可以进一步的了解蛋白质的空间结构，能进行很多项的研究，如果特殊处理后蛋白质的变化情况，靶向药物与蛋白质的结合，蛋白质的特殊行为等等。可以说是研究蛋白质的一项重要工具。